Права доступа по умолчанию в разделах и статьях
Обратите внимание, что по умолчанию и в настройках доступов статьи, и в настройках доступов раздела стоят галочки "читать и редактировать могут все сотрудники". "Все сотрудники" = во всех группах и всех отделах на портале. Экстранетчики в этот список не попадают, им сразу надо назначать права вручную, иначе они ничего не увидят.
Пока галочки стоят, вы не сможете ставить галочки для каких-то конкретных групп и отделов, потому что права будут наследоваться.
Чтобы установить галочки для выбранных отделов, сначала надо снять галочки "Все сотрудники"